<!--[if gte mso 9]><xml> </xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml> Normal 0 false false false EN-ID X-NONE X-NONE </xml><![endif]-->
Fakultas Pertanian merupakan salah satu Fakultas yang ada di Universitas Muhammadiyah Buton yang didirikan pada tanggal 16 Nopember 2002 oleh yayasan Universitas Muhammadiyah Buton. Pada awal berdirinya Fakultas Pertanian memiliki satu program studi yang bernama Program Studi Sosial Ekonomi Pertanian (Sosek) dengan izin penyelenggaraan pada tanggal 19 Oktober 2006, sesuai Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Nomor: 3962/D/T/2006, tanggal 19 Oktober 2006. Program Studi Sosial Ekonomi  Pertanian mengalami perubahan nama dan kurikulum menjadi Program Studi Agribisnis, dan mendapatkan izin perpanjangan sesuai Surat Keputusan Koordinator Kopertis Wilayah IX Sulawesi Nomor: 1418/D/T/K-IX/2009, tanggal 16 Maret 2009. Pada saat ini Program Studi Agribisnis memiliki peringkat akreditas B dengan SK akreditasi 1152/SK/BAN-PT/Akred/S/IV/2017 dengan masa berlaku akreditasi sampai 18/04/2022.    

Tahun 2019 Fakultas Pertanian membuka program studi baru yaitu Program Studi Pengelolaan Sumberdaya Perairan dengan SK Kemenristekdikti Nomor. 539/KPT/I/2019 tanggal 11 Juli 2019. Program studi Pengelolaan Sumberdaya Perairan berdasarkan pertimbangan karena melihat potensi di Sulawesi Tenggara khususnya pulau Buton yang merupakan daerah kepulauan, dan perikanan merupakan salah satu komoditas unggulannya, baik perikanan darat maupun laut.